Les déplacements au Burundi reposent presque entièrement sur la route, faute de chemin de fer et de desserte aérienne intérieure. Les distances restent courtes, mais le relief et l'état des chaussées allongent sensiblement les temps de trajet. Les pénuries de carburant compliquent en outre la circulation depuis plusieurs années.
Des minibus d'une vingtaine de places assurent l'essentiel des liaisons urbaines et interurbaines, au départ des gares routières de Bujumbura. Ils partent lorsque toutes les places sont occupées, sans horaire fixe, et desservent tous les chefs-lieux de province. Le prix reste très faible, quelques milliers de francs burundais pour une traversée du pays. Les périodes de pénurie de carburant réduisent fortement le nombre de départs et allongent l'attente.
Les taxis de Bujumbura circulent sans compteur, le tarif se négociant systématiquement avant la montée. Les motos-taxis, les vélos-taxis et les tuk-tuks sont interdits dans le centre de la capitale économique depuis mars 2022 et se cantonnent aux quartiers périphériques. Ces modes de transport restent très accidentogènes et les représentations diplomatiques européennes les déconseillent. La réservation d'un taxi par téléphone auprès d'une compagnie connue offre une solution plus sûre aux visiteurs.
Les agences de Bujumbura louent surtout des véhicules tout-terrain, généralement avec chauffeur. Cette formule convient le mieux aux trajets en province, le chauffeur connaissant les itinéraires, les postes de contrôle et les points d'approvisionnement en carburant. Le permis de conduire international accompagne utilement le permis national. Les assurances locales couvrent rarement l'ensemble des risques, ce qui justifie une lecture attentive du contrat.
Les routes nationales bitumées relient Bujumbura à Gitega, à Ngozi et aux principaux postes frontières. Leur revêtement se dégrade par endroits et les nids-de-poule apparaissent rapidement après les pluies. Les pistes de desserte rurale deviennent difficiles pendant les saisons humides, de février à mai puis de septembre à novembre. La conduite de nuit hors de Bujumbura est formellement déconseillée par les autorités françaises.
Le lac sert surtout au transport de marchandises entre le port de Bujumbura, Kigoma en Tanzanie et Mpulungu en Zambie. Le ferry historique Liemba, mis à l'eau en 1915, relie Kigoma à Mpulungu à raison d'une rotation hebdomadaire et fait l'objet d'une rénovation engagée en 2024. Les liaisons régulières de passagers au départ de Bujumbura demeurent rares et irrégulières. Les excursions se réservent auprès d'opérateurs reconnus, la sécurité des embarcations étant inégale.
Le pays ne dispose plus de desserte aérienne intérieure régulière depuis l'arrêt des activités de la compagnie nationale. Quelques aérodromes secondaires accueillent des vols privés, humanitaires ou d'affrètement. Les organisations internationales organisent parfois leurs propres rotations vers les provinces.