La santé et la sécurité constituent les deux principales questions à préparer avant un séjour au Burundi. Le système de soins souffre d'un manque chronique de moyens et de personnel, tandis que le contexte politique reste tendu depuis 2015. Une préparation sérieuse permet toutefois de voyager dans des conditions raisonnables.
Le pays dispose d'un réseau de centres de santé et d'hôpitaux de district qui couvre le territoire, mais les équipements et les médicaments y manquent souvent. La pénurie de personnel qualifié, accentuée par les départs vers l'étranger, pèse sur la qualité des soins. Les urgences véritablement équipées se limitent en pratique à Bujumbura.
L'hôpital Prince Régent Charles et le centre hospitalo-universitaire de Kamenge accueillent les cas les plus lourds. Plusieurs cliniques privées de la capitale économique offrent un niveau de service supérieur, avec des consultations en français et un règlement en espèces. Les capacités en réanimation et en chirurgie spécialisée demeurent très réduites.
La transmission du paludisme concerne l'ensemble du territoire toute l'année, avec une nette prédominance de Plasmodium falciparum. Une chimioprophylaxie adaptée, une moustiquaire imprégnée et des répulsifs réduisent sensiblement le risque. Le certificat de vaccination contre la fièvre jaune est exigé à l'entrée du pays, l'injection devant intervenir au moins 10 jours avant le départ. Les vaccins contre l'hépatite A, l'hépatite B, la typhoïde, la rage et la méningite sont recommandés selon la durée et les conditions du séjour.
L'eau du robinet ne se consomme pas sans traitement, même à Bujumbura, et l'eau en bouteille capsulée reste la solution la plus simple. Les glaçons, les crudités lavées à l'eau courante et les produits laitiers non pasteurisés appellent la même méfiance. Les fruits épluchés et les plats servis chauds ne posent en revanche pas de difficulté particulière.
Un contrat d'assistance couvrant les frais médicaux et le rapatriement sanitaire constitue une condition pratique du voyage. Les évacuations s'organisent généralement vers Nairobi, faute de plateau technique local suffisant. Les assureurs vérifient souvent la conformité du séjour avec les avis aux voyageurs officiels avant d'accorder leur garantie. Une lecture attentive des exclusions avant la souscription évite bien des déconvenues.
La France déconseille l'ensemble du territoire sauf raison impérative et classe en zone formellement déconseillée la bande frontalière avec la République démocratique du Congo ainsi que le nord de la forêt de la Kibira. La petite délinquance progresse à Bujumbura, ce qui écarte les déplacements à pied après la tombée de la nuit, y compris en centre-ville. Les vols de véhicules et les cambriolages restent fréquents dans les quartiers résidentiels. Les trajets routiers nocturnes hors de la capitale économique sont formellement déconseillés.