L'histoire du Burundi se déroule sur un plateau de collines densément peuplé, au coeur de la région des Grands Lacs africains. Un royaume y a pris forme plusieurs siècles avant l'arrivée des Européens, puis deux tutelles coloniales successives ont modifié ses institutions sans supprimer la monarchie. L'indépendance obtenue en 1962 a ouvert une longue période d'instabilité, marquée par des assassinats politiques et par des violences de masse. Un processus de paix négocié a refermé la guerre civile au début des années 2000.
Le royaume du Burundi se constitue probablement au XVIIe siècle autour d'un souverain appelé mwami, entouré de princes de sang que l'on nomme ganwa. Le tambour sacré karyenda incarne l'autorité royale et accompagne les rituels agraires qui rythment l'année. Le mwami Ntare Rugamba, qui règne dans la première moitié du XIXe siècle, étend fortement le territoire. Son successeur Mwezi Gisabo affronte ensuite les premières incursions européennes et la contestation de plusieurs chefs régionaux.
L'Allemagne rattache le Burundi à son Afrique orientale à partir de 1890 et impose au mwami Mwezi Gisabo le traité de Kiganda en 1903, tout en conservant la monarchie comme relais administratif. La Belgique occupe le territoire en 1916, pendant la Première Guerre mondiale, puis l'administre à partir de 1923 sous mandat de la Société des Nations dans un ensemble appelé Ruanda-Urundi. L'administration coloniale réorganise les chefferies, développe les cultures de rente comme le café et confie une grande part de l'enseignement aux missions catholiques.
Le prince Louis Rwagasore, fils du mwami Mwambutsa IV, fonde le parti UPRONA et remporte largement les élections de septembre 1961. Son assassinat, le 13 octobre 1961, prive le pays de son principal dirigeant quelques mois avant l'indépendance proclamée le 1er juillet 1962. La monarchie constitutionnelle résiste mal aux tensions qui suivent. Mwambutsa IV quitte le pays en 1965 et son fils Ntare V est écarté en novembre 1966 par le capitaine Michel Micombero, qui proclame la république.
Le pays traverse en 1972 des massacres d'une ampleur considérable, dont les estimations les plus courantes situent le bilan autour de 100 000 morts, majoritairement hutu, et qui poussent des centaines de milliers de personnes vers la Tanzanie. Jean-Baptiste Bagaza prend le pouvoir en 1976, puis Pierre Buyoya en 1987. De nouvelles tueries frappent le nord du pays en 1988. Une charte de l'unité nationale est adoptée en 1991 et une nouvelle constitution ouvre la voie au multipartisme.
Melchior Ndadaye remporte l'élection présidentielle de juin 1993 et devient le premier chef d'Etat hutu du pays. Son assassinat, le 21 octobre 1993, déclenche une guerre civile qui dure une douzaine d'années et fait environ 300 000 victimes. Son successeur Cyprien Ntaryamira meurt le 6 avril 1994 dans l'attentat contre l'avion présidentiel rwandais. Les accords d'Arusha pour la paix et la réconciliation, signés le 28 août 2000 sous la médiation de Nelson Mandela, organisent un partage du pouvoir entre communautés et une réforme de l'armée.
Pierre Nkurunziza, ancien dirigeant du mouvement CNDD-FDD, accède à la présidence en 2005 et engage la reconstruction du pays. Sa candidature à un troisième mandat en 2015 provoque une crise politique, une tentative de coup d'Etat et le départ de plusieurs centaines de milliers de réfugiés. Evariste Ndayishimiye lui succède en juin 2020, après le décès brutal de son prédécesseur. Gitega est devenue capitale politique à la suite d'une décision de décembre 2018, Bujumbura conservant son rôle de capitale économique.